很多患者长期治疗不见好转，或者老是反复发作的原因可能有以下几点：
非淋菌性尿道炎根治方法一是治疗时未做全面化验，导致检测不出所有病原体以及药物敏感试验;
非淋菌性尿道炎根治是不难的，长久不愈的原因：
非淋菌性尿道炎根治方法二是治疗时没有针对不同的病原体和不同的病情而采用不同的治疗方案进行治疗，因为治疗时只应用针对其中一种病原体的药物治疗，没有做到全面用药治疗，则症状当然无法得到控制，更谈不上彻底治愈疾病了;
非淋菌性尿道炎根治方法三是发病时间长了，很容易引起并发症如前列腺炎、附睾炎等，但却忽略了这些并发症的存在，没有同时治疗，从而使疾病缠绵难愈;
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非淋菌性尿道炎根治方法四是交叉感染，爱人没有同时接受治疗。因为在尿道炎的急性发作期间，未采取任何保护措施就与配偶或性伴过性生活，那么对方也就被感染了，却未能及时治疗。虽然一方治好，而另一方未治疗，这就造成两个人反复交叉感染。同时，患者平时所用的浴巾，所穿的内裤、卫生洁具等物也要消毒处理好，这些也会成为久治不愈及再感染的因素。
非淋菌性尿道炎根治需要注意以上几点，此病主要是性生活过于频繁再发生复发感染的，所以患者们如果在早期和伴侣一起接受治疗的话，复发几率是很小的，如果病情不是很严重，夫妻一起接受治疗，10—16天都可以痊愈。